Једна од најстаријих хришћанских богомоља у нашем граду је манастир Светог Оца Николаја, у горњем делу града. Многи су писали о манастирској Цркви, а највише података налазимо код Јована Хаџивасиљевића, на основу којих дознајемо да је прво 1894. године обновљена, а потом је на истом месту, почетком XX века саграђена нова, данашња црква Светог Николе. Цркву, на основу хиландарске повеље, сазнајемо да је за време владавине Краља Стефана Дечанског сазидао кнез Балдовин, а манастир Св. Николе у Врању са селима Горње и Доње Врање, селом Собина и катуном Влаха Псодерца његов син жупан Маљушт је за време владавине Краља Душана поклонио манастиру Хиландару у Светој Гори.

Најстарији сачувани писани извор је већ помињана Повеља Краља Душана. А што се тиче трију надгробних плоча, о којима говори Јован Хаџивасиљевић, нађених у цркви 1894. године, а које су 1895. године пренете у Народни Музеј у Београду, сачувана је само једна, она на којој је исклесан дан смрти кнеза Балдовина – 10. октобар.

Пре прве обнове, средњевековна Црква Светог Николе била је мања једнобродна грађевина са припратом, и била је зидана од камена.

Историјска улога манастира Светог Николе у Врању је од велике важности, а духовни центар Врања и околине годинама је био у нераскидивој вези са Хиландаром, а такође са Православним Истоком и Византијом. Истовремено и веза са Старом Србијом, Косовом и Метохијом.
Храмова слава је 22. маја по новом календару – летњи Свети Никола – када се овде некада окупљало цело Врање, да се помоли Светом Николају архиепископу мирликијскому.

Иначе садашњи храм је је грађен у облику једнобродне базилике са олтарском апсидом на источној страни. Такође након последње обнове дограђена је и купола а у дворишту манастирског комплекса налазе се пирг и спомен-костурница.