Кроз територију града Врања протиче река Јужна Морава, а мање реке су Бањштица, Корбевачка река, Вртогошка река, Ветерница, Коћурица, а у самом граду су Врањска и Собинска река. Такође, изнад Врања је и изузетан кањон, Казанђол, који сече Градска река у стени између планина Пљачковице и Крстиловице, у њему има неколико великих вирова. На 8 км од града налази се Александровачко језеро, а на 25 км од града се налази језеро Првонек.
