Попут многих цркава и манастира и манастир Светог првомученика и архиђакона Стефана је претрпео штету у време српско-турских ратова. Пре I светског рата, сa почетка XX века, манастир је имао значајну улогу у четничкој акцији, као и за смештај јединице Дринске дивизије првог позива. Манастир и села око њега дали су велики допринос позадинском обезбеђењу српске војске. У периоду између два светска рата манастир припада Скопској епархији и кадровски и економски ојачава. У време Другог светског рата манастир је знатно оштећен, а након тога често остаје и без монаха. Бригом локалних свештеника, за обнову манастира није могло да се учини пуно тога. 1992. године одлучено је од стране пчињског свештенства да се крене са обновом и уређењем манастира. У току реконструкције манастира радило се и на формирању сестринства и манастир је проглашен женским. Од 2007. године игуманија манастира је монахиња Јефремија.
Манастир Светог првомученика и архиђакона Стефана слави 09. јануара, Светог првомученика и архиђакона Стефана и 15. августа, Пренос моштију Светог првомученика и архиђакона Стефана.
Данас манастирски комплекс, кога сачињавају манастирска црква, звоник, конаци, радионица и црквено двориште, је дивна, питома и мирна оаза у недирнутој живописној природи, која сија пуним сјајем.
